Το 303, λίγο μετά που ο Διοκλητιανός είχε αρχίσει ένα από τους μεγαλύτερους και σκληρότερους διωγμούς κατά των χριστιανών, πυρπολήθηκε το παλάτι του Διοκλητιανού στη Νικομήδεια και ο εμπρησμός αποδόθηκε στους χριστιανούς. Σε αντίποινα κατεδαφίστηκε ο χριστιανικός καθεδρικός ναός. Λίγο αργότερα με προσταγή του Μαξιμιανού κάηκε χριστιανικός ναός στη Νικομήδεια με όλο τον κόσμο (20.000) που ήταν μέσα.
Ορισμένοι χριστιανοί συγκλητικοί που συνελήφθησαν έξω από το ναό εκτελέστηκαν με διάφορους τρόπους. Ο Άγιος Μυγδόνιος ο συγκλητικός θανατώθηκε μέσα σε βόθρο.

Εις τον Μυγδόνιον Kαν χωννύηται Mυγδόνιος εν βόθρω, Eγνωσμένος τοις πάσι Mάρτυς τυγχάνει.