Οι Άγιοι Ραφαήλ, Νικόλαος και Ειρήνη συγκαταλέγονται στη χορεία των Νεοφανών Αγίων και μάλιστα εκείνων που μαρτύρησαν δέκα χρόνια μετά την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως όταν το 1463 μ.Χ. έπεσε και η Λέσβος στα χέρια των Τούρκων.

Ο Άγιος Ραφαήλ καταγόταν από τους Μύλους της Ιθάκης και γεννήθηκε το έτος 1410 μ.Χ. Το κοσμικό του όνομα ήταν Γεώργιος Λάσκαρης. Κοντά του εκείνη την περίοδο βρισκόταν σαν υποτακτικός ο Άγιος Νικόλαος. Ο Νικόλαος εκάρη μοναχός και στη συνέχεια χειροτονήθηκε διάκονος. Θεωρείται Θεσσαλονικεύς στην καταγωγή, αν και αναφέρεται ότι γεννήθηκε στους Ράγους της Μηδίας της Μικράς Ασίας. Ωστόσο μεγάλωσε και ανδρώθηκε στη Θεσσαλονίκη.

Οι Τούρκοι σε μια επιδρομή τους στο μοναστήρι, συνέλαβαν τον Άγιο Ραφαήλ και τον Άγιο Νικόλαο, τη Μεγάλη Πέμπτη του ιδίου έτους. Ακολούθησαν σκληρά και ανηλεή βασανιστήρια και ο Άγιος Ραφαήλ μαρτύρησε διά σφαγής. Τον έσυραν βιαίως τραβώντας τον από τα μαλλιά και την γενειάδα, τον κρέμασαν από ένα δένδρο, τον χτύπησαν βάναυσα, τον τρύπησαν με τα πολεμικά τους όργανα, αφού προηγουμένως τα πυράκτωσαν σε δυνατή φωτιά και τελικά τον έσφαξαν πριονίζοντάς τον από το στόμα.

Ο Άγιος Νικόλαος πέθανε μετά από βασανισμούς, από ανακοπή καρδιάς, δεμένος σε ένα δένδρο.

Μαζί τους μαρτύρησαν η μόλις δώδεκα χρονών παιδίσκη Ειρήνη, οι γονείς της Βασίλειος (προεστός Θέρμης) και Μαρία, το πεντάχρονο αδελφάκι της Ραφαήλ, η ξαδέλφη τα Ελένη, ο δάσκαλος Θεόδωρος και ο ιατρός Αλέξανδρος.
Το μαρτύριό τους συνέβη την Τρίτη της Διακαινησίμου, στις 9 Απριλίου του έτους 1463 μ.Χ.

Ἐν Λέσβῳ, ἀθλήσαντες, ὑπὲρ Χριστοῦ τοῦ Θεοῦ, αὐτὴν ἡγιάσατε, τῇ τῶν Λειψάνων ὑμῶν, εὑρέσει μακάριοι. Ὅθεν ὑμᾶς τιμῶμεν, Ῥαφαὴλ θεοφόρε, ἅμα σὺν Νικολάῳ καὶ παρθένῳ Εἰρήνῃ, ὡς θείους ἡμῶν προστάτας καὶ πρέσβεις πρὸς Κύριον.